O σκοπός του Αρχειακού τμήματος (Ν. 1946/91) είναι ο εντοπισμός, η συγκέντρωση, ταξινόμηση, ευρετηρίαση και τέλος η δημοσίευση παντός είδους αρχειακού υλικού που έχει σχέση με την Ύδρα, την τοπική της ιστορία, την παράδοση και τον πολιτισμό της. Στο υδραϊκό αυτό κέντρο ιστορικής τεκμηρίωσης εισάγεται κατόπιν επιλογής, αρχειακό υλικό από Δημόσιες Υπηρεσίες του νησιού καθώς και αρχεία Φορέων και ιδιωτών τα οποία αποτελούν σημαντικές πηγές ιστορικής έρευνας γαι τον τόπο και προβάλλουν ιστορικά τον πρωταγωνιστικό ρόλο της Ύδρας, ιδιαίτερα κατά την περίοδο του 18ου – 19ου και του 20ου αιώνα. Μια μεγάλη ενότητα αρχειακού υλικού, αφορά το Αρχείο της Κοινότητας Ύδρας (1708 – 1865). Στην ενότητα αυτή συγκαταλέγονται 18000 περίπου πρωτογενή έγγραφα, χειρόγραφα, κώδικες και κατάστιχα που σκιαγραφούν διεξοδικά τους προεπαναστατικούς, επαναστατικούς και μετεπαναστατικούς χρόνους της Ελληνικής ιστορίας. Ακολουθούν αρχεία εκπαιδευτικά, διοικητικά, εκκλησιαστικά, συλλογικά κ.λ.π. που ξεκινούν χρονολογικά από τα μέσα του 19ου αιώνα, φθάνοντας συχνά, μέχρι και τις μέρες μας.
