Στο μουσειακό χώρο του ΙΑΜΥ η νεοελληνική τέχνη τού 18ου-19ου και των αρχών του 20ου αιώνα , προσφέρει μερικές από τις πιο αξιόλογες δημιουργίες της . Με τη ζωγραφική κυρίως, εξαίρετα δείγματα της οποίας διαθέτει η μουσειακή συλλογή του ΙΑΜΥ, η αίθουσα ΧΙ του Μουσείου έχει μετατραπεί σε Ιστορική Πινακοθήκη . Η υδραίικη κοινωνία απέδιδε όπως φαίνεται ιδιαίτερη σημασία στην τέχνη της ζωγραφικής, αφού το κάθε εύπορο σπίτι είχε την προσωπική του πολύτιμη ζωγραφική συλλογή (βλ. Κωνσταντίνα Αδαμοπούλου, Κατάλογος Ι.Α.Μ.Υ. 1999 ,Υπουργείο Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων –Γενικά Αρχεία του Κράτους , έκδοση Σωματείου των Φίλων του ΙΑΜΥ) .
Αξιόλογοι ζωγράφοι της εποχής, όπως οι Υδραίοι Ανδρέας Κριεζής (1813-1880) και Γεράσιμος Βώκος (1861-1902),αλλά και ο Αυστριακός Φραγκίσκος Πίτζε( 1822-1862), ανταποκρινόμενοι στις απαιτήσεις της μικρής υδραϊκής κοινωνίας, έθεσαν την καλλιτεχνικό τους ταλέντο στην υπηρεσία του νησιού και ζωγράφισαν, κατόπιν παραγγελιών, αναπαραστάσεις μεγάλων ιστορικών γεγονότων, μορφές Αγωνιστών ή πορτρέτα συγγενών πολλών οικογενειών της Ύδρας.
Αξιόλογοι ζωγράφοι της εποχής, όπως οι Υδραίοι Ανδρέας Κριεζής (1813-1880) και Γεράσιμος Βώκος (1861-1902),αλλά και ο Αυστριακός Φραγκίσκος Πίτζε( 1822-1862), ανταποκρινόμενοι στις απαιτήσεις της μικρής υδραϊκής κοινωνίας, έθεσαν την καλλιτεχνικό τους ταλέντο στην υπηρεσία του νησιού και ζωγράφισαν, κατόπιν παραγγελιών, αναπαραστάσεις μεγάλων ιστορικών γεγονότων, μορφές Αγωνιστών ή πορτρέτα συγγενών πολλών οικογενειών της Ύδρας.
Ειδικότερα , η Πινακοθήκη περιλαμβάνει τρεις θεματικές ενότητες έργων : α)Προσωπογραφίες (κυρίως ελαιογραφίες) ιστορικών μορφών, β) πορτρέτα πλοίων του Αγώνα αλλά και νεότερων και γ) μία αξιόλογη συλλογή ναυτικών χαρτών. Θαυμάσιο έργο αγνώστου ζωγράφου είναι η ελαιογραφία του Υδραίου ναυμάχου Εμμανουήλ Τομπάζη, που αναπαρίσταται ακουμπισμένος στην κουπαστή του πλοίου του, πιθανώς στην γολέτα των Τομπάζηδων, την «Τερψιχόρη» .
Θαυμάσια είναι επίσης η ελαιογραφία του Γεράσιμου Βώκου που αναπαριστά την Υδραία αρχόντισσα Ελένη Δημ. Κριεζή, με ενδυμασία εποχής . Η προσωπογραφία του Υδραίου γιατρού Ιωάννη Τέτζη, έργο του αυστριακής καταγωγής ζωγράφου Φραγκίσκου Πίτζε, είναι ένα ακόμα από τα σημαντικά έργα που εκτίθενται στο ΙΑΜΥ. Σπουδαίο απόκτημα της μουσειακής συλλογής που εκτίθεται στον προθάλαμο της αίθουσας είναι και η Μεγάλη Χάρτα του Ρήγα Φεραίου, φιλοτεχνημένη από το μεγάλο Έλληνα οραματιστή και τυπωμένη στη Βιέννη το 1793.
Θαυμάσια είναι επίσης η ελαιογραφία του Γεράσιμου Βώκου που αναπαριστά την Υδραία αρχόντισσα Ελένη Δημ. Κριεζή, με ενδυμασία εποχής . Η προσωπογραφία του Υδραίου γιατρού Ιωάννη Τέτζη, έργο του αυστριακής καταγωγής ζωγράφου Φραγκίσκου Πίτζε, είναι ένα ακόμα από τα σημαντικά έργα που εκτίθενται στο ΙΑΜΥ. Σπουδαίο απόκτημα της μουσειακής συλλογής που εκτίθεται στον προθάλαμο της αίθουσας είναι και η Μεγάλη Χάρτα του Ρήγα Φεραίου, φιλοτεχνημένη από το μεγάλο Έλληνα οραματιστή και τυπωμένη στη Βιέννη το 1793.
Στον χώρο αυτό μπορεί ακόμα κανείς να θαυμάσει την προσωπογραφία του Ανδρέα Μιαούλη , του μεγαλύτερου ναυάρχου-αγωνιστή τού υδραίικου ναυτικού Αγώνα φιλοτεχνημένη από το ζωγράφο Γεώργιο Ραψομανίκη (1880). Εντυπωσιάζει τον επισκέπτη άλλο ένα ξεχωριστό επίσης έκθεμα. Πρόκειται για την ασημένια λήκυθο με τηνταριχευμένη καρδιά του ναυάρχου Ανδρέα Μιαούλη. Ο Βασιλεύς Οθων μετά το θάνατο του ήρωα ναυμάχου, στις 11 Ιουνίου 1835, έδωσε εντολή να αποσπαστεί από το σώμα του και να τοποθετηθεί στην λήκυθο αυτή ως σύμβολο ανδρείας και πατριωτισμού. Επάνω της είναι γραμμένη η επιγραφή «ΧΑΙΡΕ Η ΚΑΡΔΙΑ ΤΟΥ ΑΝΔΡΕΑ ΜΙΑΟΥΛΗ». Η λήκυθος δωρήθηκε τιμής ένεκεν στην Υδρα, την ιδιαίτερη πατρίδα του Μιαούλη. Στον ίδιο χώρο έχει τοποθετηθεί ομοίωμα του Σταυρού τού Μιαούλη με τα στοιχεία «Σταυρός πιστών το στήριγμα» (οριζόντια κεραία) και «Σταυρού τύπος εχθροίς τρόμος» (κάθετη κεραία). Σύμφωνα με μαρτυρίες ο ναύαρχος είχε αυτό το σταυρό μαζί του σε όλες τις ναυτικές επιχειρήσεις του και την κρίσιμη στιγμή της επίθεσης τον προέτασσε κατά του εχθρού.
Στα εκθέματα του Μουσείου, περιλαμβάνονται επίσης όπλα Υδραίων ναυμάχων, τρομπόνια, πιστόλες, σπαθιά, καριοφίλια κλπ. Στα χρόνια του ελληνικού Αγώνα κατά των Οθωμανών, το προνόμιο της αγοράς καλών όπλων το είχαν περισσότερο οι νησιώτες και βεβαίως οι Υδραίοι ναυτικοί, που λόγω των ταξιδιών τους είχαν τη δυνατότητα να διαλέγουν και να προμηθεύονται όπλα από το εξωτερικό, κυρίως από τα λιμάνια της Ισπανίας , της Αγγλίας , της Γαλλίας και της Ιταλίας. Εδώ ο επισκέπτης μπορεί να θαυμάσει τα τρομπόνια του Γεωργίου Σαχτούρη ή του Ανδρέα Πιπίνου, τις ασημοποίκιλτες πιστόλες του Γιακουμάκη Τομπάζη αλλά και τα σπαθιά του Αγωνιστή Πανουργιά ή και τουρκικά όπλα -λάφυρα από διάφορες νικηφόρες ναυμαχίες τoυ υδραίικου στόλου.
Οι μόνιμες συλλογές του ΙΑΜΥ εμπλουτίστηκαν τελευταία με την πολύ σημαντική δωρεά του ζεύγους Διονυσίου & Ίνγκριντ Κουντουριώτη που αφορά πλήθος εξαιρετικών οικογενειακών κειμηλίων της ιστορικής οικογένειας και εκτίθεται στον πρώτο όροφο του Μουσείου.